Notre équipe vient de franchir le cap des cinq millions (5.000.000 !) de points sur le World Community Grid.

Bravo à tous et rendez-vous pour les 10 millions ^^

Travis vient de poster une news sur le site de Milkyway@Home, annonçant que les travaux sur l’application CUDA sont enfin terminés !

La seconde bonne nouvelle pour les possesseurs de cartes Nvidia, c’est qu’après plusieurs tests il s’avère que les calculs en simple précision, qui semblaient inadaptés au projet, peuvent en fait suffire. Concrètement cela signifie que toutes les cartes Nvidia compatibles CUDA pourront calculer sur Milkyway, et pas seulement les GTX comme c’était annoncé au départ !

A titre d’exemple, Travis annonce une durée d’une minute pour calculer une unité série 82, sur une carte 9600M GT, une bonne performance pour une carte graphique d’ordinateur portable qui plus est !

Travis va très prochainement poster le code pour qu’il soit adapté aux cartes graphiques ATI !

Reste à voir dans les prochains jours si l’afflux d’unités de travail sera suffisant pour satisfaire tout le monde

Si vous avez des cartes graphiques Nvidia (ou ATI quand l’optimisation sera disponible),  merci de tester de votre côté et de donner vos scores ^^

Quant à moi j’attends patiemment l’opti ATI pour voir ce que ça donne avec ma Radeon HD 4850 …

Moi qui faisait un billet ce matin sur les badges du projet de Lutte contre la Dystrophie Musculaire, j’ai été assez surpris de voir le projet débouler officiellement sur le World Community Grid il y a quelques minutes ! Voici son texte de présentation :

Le World Community Grid et les chercheurs parrainés par Décrypthon, un partenariat entre l’AFM, le CNRS, Universite Pierre et Marie Curie et IBM, étudient les interactions entre plus de 2200 protéines dont les structures sont connues, avec un accent mis sur les protéines qui ont un rôle dans les maladies neuromusculaires. La base de données contenant les informations produites aidera les chercheurs à élaborer des molécules pour inhiber ou améliorer l’association de certaines macromolécules, ce qui pourrait améliorer les traitements des myopathies et des autres maladies neuromusculaires.

Que sont les maladies neuromusculaires et la myopathie de Duchenne ?

Le terme générique « maladie neuromusculaire » désigne un groupe de maladies (plus de 200 au total) qui affectent le fonctionnement des muscles, soit en touchant directement le muscle (dystrophie musculaire), soit indirectement en touchant le nerf moteur ou la jonction entre le nerf et le muscle. La plupart de ces maladies sont rares (moins d’une personne sur 2 000 est affectée), elles sont d’origine génétique (80% des cas) et affectent aussi bien les enfants que les adultes. Ces maladies chroniques conduisent à une diminution de la force musculaire et occasionnent un handicap sévère de la fonction motrice (mouvements, respiration, etc.). Les manifestations de ces maladies sont variables. Certaines sont progressives alors que d’autres peuvent rester stables durant plusieurs années. De plus, la même pathologie peut produire des symptômes différents d’une personne à l’autre.

Malgré les avancées des approches thérapeutiques, il n’existe à ce jour aucun traitement curatif disponible de ces maladies.

Et voici le message d’introduction d’Alessandra Carbone, responsable du projet :

Bienvenue dans la seconde phase du projet Lutte contre les Dystrophies Musculaires (HCMD2).

Afin de comprendre comment les protéines remplissent leur fonction biologique dans les cellules, il est nécessaire de mieux comprendre en détail les modes d’interactions entre protéines dans le but d’aider les chercheurs à développer de nouvelles stratégies thérapeutiques.

HCMD2 va analyser une large base de données de protéines humaines et passer celles-ci au crible afin de chercher parmi elles des partenaires protéiques potentiels in vivo. Une partie des 2200 structures protéiques que votre ordinateur va contribuer à analyser concerne des molécules impliquées dans les dystrophies musculaires, une autre partie des ces protéines joue un role important dans divers tissus ou organes comme le coeur ou le cerveau. La première phase du projet nous a permis de développer et tester une méthode qui permet de discriminer les partenaires protéiques des paires de protéines qui n’interragissent pas ensemble (à partir d’un ensemble dont les interactions expérimentales sont connues). La seconde phase va appliquer cette méthode numérique à des protéines dont on ignore les interactions afin de découvrir de nouveaux partenaires potentiels. Chaque unité de calcul résolue durant la phase 2 nous apportera des informations sur le mode d’interaction de deux protéines parmi les 2200 étudiées.

Votre contribution à ce projet apportera des informations importantes aux biologistes et aux physiciens, et à terme bénéficiera à tous les chercheurs qui travaillent sur des maladies génétiques et en particulier les maladies neuromusculaires. Au final nous espérons contribuer au développement de thérapies innovantes qui aboutiront à un traitement de la grande majorité des maladies neuromusculaires, y compris les dystrophies musculaires.

Beaucoup d’entre vous ont déja résolu des unités de calcul lors de la première phase du projet, qui a été un succès et nous a beaucoup appris. Une grande partie de ce succès revient naturellement aux participants de la phase 1. Avec le démarrage de la phase 2, nous souhaiterions remercier tous les gens qui apportent leur contribution à HCMD2 en donnant du temps de calcul au projet et à World Community Grid.

En attendant que le projet soit lancé officiellement sur le World Community Grid, et après avoir constaté que le sous-forum de la phase 1 était ce week-end passée dans la section des « recherches terminées » (ce qui annonce un nouveau projet et non pas une reprise de l’ancien), une recherche rapide me permet de vous présenter les futurs badges de cette phase 2.

J’ignore s’il s’agit de la version définitive des badges, mais disons-le tout de suite : ils ne sont pas très originaux.

Phase 1 (terminée) :

Phase 2 (pas encore lancée) :

Oui je sais, c’est d’une originalité rare

Notre équipe de calcul partagé vient de franchir aujourd’hui le cap très appréciable des 7 millions de crédits, tous projets confondus. La répartition sur les 4 projets principaux et toujours actifs se fait comme suit :

Climate Prediction : 601,923 (qui franchit le cap des 600.000 crédits ^^)

GPUGRID : 753,215

Milkyway@Home : 763,628

World Community Grid : 4,814,890

J’en profite pour vous rappeler que si vous possédez un ordinateur, peu importe sa puissance, vous pouvez aider très simplement à lutter contre des maladies telles que le SIDA, la grippe, la dengue, le cancer ou les maladies génétiques… et si vous avez plus la tête dans les étoiles, vous pouvez calculer sur des projets astronomiques ^^

Pour cela rien de plus simple : installez le logiciel BOINC et rejoignez l’équipe Star Wars [FR] !

Cette version vient corriger quelques bugs sur les précédentes versions de Boinc, sur Mac uniquement. Pas de support CUDA pour le moment, dans la mesure où les développeurs de Boinc attendent toujours de Nvidia les librairies 64 bits. Voici les liens de téléchargement :

boinc_6.6.29_universal-apple-darwin.zip

boinc_6.6.29_macOSX_universal.zip

boinc_6.6.29_macOSX_SymbolTables.zip

Changes for 6.6.29

- MGR: Add comments and slightly reorder code for clarity

- client: write message (and show new config info) when config file reread

- client: improve cpu_sched_debug messages

- web translation: code wasn’t handling multi-line tokens

- client, Mac: don’t do res_init(). It causes a crash.

- client (Unix): if client crashes while benchmark processes are going, make sure they detect this and exit.

- Client: don’t do res_init() on Mac, if client crashes during benchmarks, exit benchmarks on UNIX.

- Mac: Remove -lresolv from XCode linker flags for client, manager, boinccmd and screensaver

- Mac client: fix parent died test in benchmark_time_to_stop()

boinc_6.6.28_universal-apple-darwin.zip

boinc_6.6.28_macOSX_universal.zip

boinc_6.6.28_macOSX_SymbolTables.zip

boinc_6.6.28_windows_x86_64.exe

boinc_6.6.28_windows_intelx86.exe

Changes for 6.6.28

- client: enforce_schedule() wasn’t starting GPU jobs

- Update Translations

Un nouveau projet vient de faire son apparition sur le World Community Grid, et contre toute attente il ne s’agit pas du fameux « Cure Muscular Distrophy phase 2 » du Téléthon, mais d’un projet consacré à la recherche de médicaments contre la grippe : Influenza Antiviral Drug Search.

Les unités de travail ont une durée légèrement inférieure au projet « Help Fight Childhood Cancer » et fonctionnent d’ailleurs sur le même logiciel – Autodock (le jour où quelqu’un sort une optimisation ATI ou Nvidia sur ce logiciel, je suis preneur ^^).

La mission de ce projet est de trouver de nouveaux médicaments permettant de stopper la progression d’une grippe dans le corps humain. La recherche va ici s’attaquer à trouver des solutions aux types de grippe qui ont progressivement développé une résistance aux médicaments actuels tels que le Tamiflu ou le Relenza par exemple. Il s’agit donc ici de trouver un moyen efficace de lutter contre les différentes formes de grippe dans les cas où des médicaments qui existe déjà ont montré leurs limites – il existe bien sûr plusieurs formes de grippes et toutes ces formes ne résistent pas de la même façon aux divers traitements.

L’actualité étant en ce moment centrée sur le fameux virus H1N1 – autrement dit la grippe A, ou grippe mexicaine, ou grippe porcine, à vous de voir comment vous voulez l’appeler ^^ – les gestionnaires du projet (dont une partie sont les mêmes que ceux du projet Discovering Dengue Drugs Together) ont cru bon de rappeler que ce projet n’est pas destiné à trouver un remède contre ce virus précis, les délais étant trop courts.

J’espère que vous serez nombreux à calculer sur ce projet, dont les buts sont certes nobles mais dont on espère qu’il ne retardera pas le projet européen de la Lutte contre la Distrophie Musculaire. Voici pour les amateurs de badge ce à quoi on devrait avoir droit dans les prochains jours/semaines/mois (selon votre puissance de calcul ^^) :

Mac :
boinc_6.6.27_universal-apple-darwin.zip

boinc_6.6.27_macOSX_universal.zip

boinc_6.6.27_macOSX_SymbolTables.zip

PC :
boinc_6.6.27_windows_x86_64.exe

boinc_6.6.27_windows_intelx86.exe

Notes de version :

- removed outdated translation files; updated template

- client: view 2 GPUs as equivalent if their memory differs by <30%. (maybe their memory differed slightly from the most capable one)

- client: simplify enforce_schedule(), and maybe fix bugs.
New approach: take the « ordered_schedule_results » list, add running jobs that haven’t finished their time slice, and order the result appropriately. Then run jobs in order until CPUs are filled. Simpler and clearer than the old way.

= client: fix compiler warning

boinc_6.6.26_windows_x86_64.exe

boinc_6.6.26_universal-apple-darwin.zip

boinc_6.6.26_macOSX_universal.zip

boinc_6.6.26_macOSX_SymbolTables.zip

boinc_6.6.26_windows_intelx86.exe